San Miguel de Neguera es un despoblado de la provincia española de Segovia, perteneciente al término municipal de Sebúlcor. La aldea se halla actualmente en ruinas.
Popularmente se denomina El Barrio entre los habitantes de Sebúlcor. Se encuentra a la orilla del río San Juan, cerca de su desembocadura con el Duratón, en la zona del parque natural.
En un documento del año 1076, por el que el rey Alfonso VI cede al abad Fortunio y al monasterio de Silos el lugar de San Frutos, se habla del "vado de Neguera". En el año 1247 era una aldea diminuta que pagaba al obispado de Segovia tan solo dos maravedíes. En el año 1632 se desmembra esta parroquia de la del Salvador de Sepúlveda y queda incorporada a Sebúlcor. Por lo tanto, como ahora era un barrio de Sebúlcor, se nombra "El Varrio" en 1759, con seis vecinos, y "Barrio de San Miguel de Neguera" en 1826 con once vecinos y cincuenta habitantes.
En 1847 su población ascendía a 46 habitantes. La localidad aparece descrita en el volumen XI del Diccionario geográfico-estadístico-histórico de España y sus posesiones de Ultramar de Pascual Madoz.
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